Dalam rangka menumbuhkan kepedulian terhadap kebersihan dan kenyamanan lingkungan sekolah, SMAN 99 Jakarta melaksanakan kegiatan Rabu Bersih yang diikuti oleh seluruh warga sekolah. Kegiatan ini bertujuan untuk menciptakan lingkungan belajar yang sehat, asri, dan kondusif, serta menanamkan karakter peduli lingkungan kepada seluruh warga sekolah. Melalui kegiatan Rabu Bersih, diharapkan budaya hidup bersih dan tanggung jawab bersama dapat terus terjaga di lingkungan SMAN 99 Jakarta.